就在同一日的白天。
城都地区的南方海域中，水之都“奥多马雷”。
它被誉为世界上最美丽的城市。城市之中，有着著名的建筑“大圣堂”以及“太阳之塔”。
这建筑，是人们怀着感恩传说宝可梦守护了城市的心，而建造的。
而在这里，在城都地区旅行的小智，为了参加一年一度的宝可梦水上竞赛而来到奥多马雷，于是，遇见了拥有神奇招式的宝可梦，拉帝亚斯和拉帝欧斯。
拉帝欧斯是哥哥，拥有如天空和海一般的蓝色。
拉帝亚斯是妹妹，拥有比夕阳更浓郁的火红色。
它们彼此感情深厚，共同守护着城市的宝物“心之水滴”。
然而，怪盗姐妹桑娜和莉安盯上了这件宝物。
为了得到心之水滴，她们盯上了水都的双子。
拉帝亚斯会幻化成名为卡侬的绘画少女，在奥多马雷的街头玩耍与漫步。在某个有着水龙头的小广场中，小智和皮卡丘，与拉帝亚斯幻化的“谜之少女”相遇了。
伴随着悠扬的手风琴音，谜之少女走入了错综复杂，又横亘交错的城市街道中，那宛如迷宫一样的城市中。
而来自外界的女盗贼，用类似西尔佛检视镜的装置，看穿了少女的伪装，她们试图抓住少女并逼迫她交出心之水滴。
而在这关键的时候，小智与皮卡丘穿越了迷宫，如命运般的邂逅，来到了陷入危机的少女面前，并将她从危机的环境中救出。
从那个时候，谜之少女便记住了这位带着皮卡丘的少年。
三人来到了大圣堂，但是小智并不知道女贼的监视器已经盯上他了。进入圣堂，他们遇到了博物馆的导游本葛雷先生。
忽然，小智注意到二楼有位少女正在收拾画具，那正是刚才的少女！
小智决定一探究竟，他对小霞和小刚说有事情让他们在宝可梦中心等他，跑出博物馆，在看到少女之后他和皮卡丘追过去，此时飞行监视器跟上了小智。
循着少女的脚步，少年开始不顾一切的奔跑，跑出教堂，跑过桥梁，跑过若干条街道。
在一座桥边，小智叫住了对面的少女，问她刚才为什么什么也没说就跑掉了，但少女却不知道他在说些什么。
少年也同样不解，于是带着皮卡丘继续前进着，迷失在了城市的十字路口。
正当他不知该向何处寻找时。
蓦然回首，少女正在桥上静静的望着他。
继续行进入小巷，小智越发奇怪也跟着跑进小巷。
穿过紫藤花的长廊，在十字路口丢失了目标。
他开始漫无目的地寻找。正当他在一座桥边感叹这座城市简直就是一座迷宫的时候，却又看见了那个少女，不过她什么也没带。
少女微笑着跑向对面，招手示意小智跟上她。
异域风情的建筑，奔跑的少年，若即若离的少女，迷幻的手风琴，轻快的节奏，伴奏的音乐。
在那夏季的尾声中，使访客几乎要融化在这朦胧的世界之中。
在经过一番追逐后，小智看到少女站在一堵墙前，阳光洒落在她的身上，树影斑驳，随后她微笑着，竟然穿过那堵墙消失了。
皮卡丘随后也跟着进到了墙里，于是小智也下定决心穿过了那堵墙。
穿过隧道，小智和皮卡丘来到了一个美丽的花园。
他继续走过去，又看到了少女，他追上去，看到少女正在池塘对面荡着秋千。
少女是故意将少年引过来的。
因为，少女很喜欢这个少年。
拉帝亚斯幻化的谜之少女，模仿着人类女孩的行为，她想要和所喜欢的那个少年玩耍。
在这久远时代前就存在着的秘密花园中。
但，当少年打算走过去时，身边的风车转了起来。
接着，远处的水池中涌起浪花，似乎什么东西冲了过来，激起浪花，又飞进树林，调回头来冲向小智。
皮卡丘使出十万伏特却无法命中，被那个东西撞翻在地，小智急忙俯下身查看皮卡丘的状况，那个东西又冲了过来。
千钧一发之际，少女挡在了小智前，那个东西瞬间刹住车，并现出原形，那是拉帝欧斯！
小智想起了大圣堂前两根柱子上的雕像。拉帝欧斯喊着似乎是叫少女让开，并摆出攻击的姿势，少女却摇头不肯让开。
“拉帝亚斯，你想和这孩子玩吗？”
名为本葛雷的老人，和抱着画板的少女卡侬站在一起，如此询问着谜之少女。
少女微笑着点头，又拉着小智坐上秋千，自己则站在秋千上。
“拉帝亚斯不是宝可梦的名字吗？”
小智有些疑惑。
于是，秋千停下。
身后的少女发出光芒，变成了拉帝亚斯。
小智吓了一跳摔在地上，拉帝亚斯飞去扶起他，看到小智没事后高兴的围着他旋转。
但，懵懂的爱恋在此萌芽，不论是少年还是异族的少女，都不知道接下来会发生的事情。
人一旦拥有无限的力量，又有着邪恶的欲望，就会造成无可挽救的悲剧。
当追踪的仪器抵达了秘密花园，来自外界的女盗贼们也开始了活动。
在太阳落下，少年离开花园，水都的双子无忧无虑的飞翔时，她们入侵了那座古老的花园，夺取了心之水滴，破译了古代的石板，并且 抓走了拉帝欧斯。
于是，拉帝亚斯知晓，自己必须要做些什么，要将哥哥救回来，而在这危险的关头 异族的女孩，第一个想起来的，正是和自己玩耍的，在水都奔跑的那个少年。
即使现在已经是深夜。
但在自己心中，似乎也留有一道亮光，就像是阳光一样。
经历了激烈的追逐战，和从大圣堂中被仪器复活的化石翼龙与镰刀盔战斗，又依靠着拉帝亚斯的薄雾球突破了奥多马雷的防御机制“水之旋风”，终于磕磕绊绊，以最快的速度，小智和拉帝亚斯来到了大圣堂中！
在那巨大的仪器之前！
而一直在被抽取精力，但和原作不同，并没有贸然挣扎损耗体力的拉帝欧斯，在看到妹妹和那个戴帽子的少年到来时，眼睛顿时一亮。
白天的回忆逐渐褪去，现在.要专注于现在！
那个仪器，操纵着仪器的怪盗姐妹失败了！她妄图使用奥多马雷的科学技术，操纵水流抓住自己的妹妹和那个少年，但妹妹觉醒了“薄雾球”的招式，轰碎了水之旋风，因此也导致机器出现了问题，暴走了！
好机会，现在，是好机会！
“皮卡丘，十万伏特！”
少年身边的皮卡丘打伤了怪盗姐妹中的一人，趁此机会，一口气闯入教堂救下了卡侬和本葛雷老人。
拉帝欧斯强忍着身体的不适，微微点头，看着少年英勇无畏的表现。
而在困住自己的仪器外部，自己的妹妹拉帝亚斯正在奋力营救自己，试图通过卡死机器的运转而停止它！
而那个少年也在帮忙，只不过.他为什么要直接使用“舍身冲撞”？！
这也太勇猛了，人类的肉体竟然是如此坚强之物？
但果不其然，少年猛地撞上来，但立刻就被一层淡蓝色的能量护盾弹开了！
“拉帝！”
喂，你没事吧？
拉帝欧斯本想这样问的，但看到那个少年晃晃身体又和没事人一样站了起来，它顿时觉得自己简直是多余问这一句话。
在自己见过的人类中，没有人比你的肉体更强健了，话说你你真的是人类吗？
此时，自己的妹妹拉帝亚斯再度使用了薄雾球，强烈的光芒伴随着妹妹的身体，撞击在失控的仪器上，趁此机会，少年和卡侬小姐，以及本葛雷老人，终于将自己从仪器中拖拽了出来！
成功了.但是，还没有结束！
拉帝欧斯顾不得喘息，它回忆着梦境中那个人类工匠所说的内容，心之水滴将在今夜失去，并且引发出巨大的海啸，整个岛屿都会被吞没！
果然，心之水滴已经从原本的湛蓝色，变成了污秽的黑红色！
如果再被触碰一下的话，心之水滴就有可能直接炸开并且消失！
而现在，没办法找到新的心之水滴.！
“拉帝.”
原来是这样吗。
拉帝欧斯明白了一切。
如果想要拯救这座岛屿，在心之水滴毁灭的情况下，便只有让自己献出生命。
因此，梦境中的那些传说宝可梦们，和那个神秘的人类，才会用那样的眼睛看着自己，并说出那些奇怪的话。
原本，死亡已经看中了我，而我的灵魂也将升入宇宙，传说我们一族是从遥远的天国中来到这个世界的 如果没有进入那个梦境的话，今夜之后，古老的传说故事便将再度上演，而这一次，我必须献出自己的生命和灵魂。
“拉帝.！”
拉帝欧斯从自己的羽毛中，取出了藏起来的那个笛子，并且对着小智催促了起来！
来吧，少年！
来吹响这个笛子！